微滤膜在医药方面的应用主要是除菌和除微粒。

微滤膜在制药工业中的应用领域如下：工艺用水、注射用水、气体、蒸汽、非肠道药；眼用药液、大输液；发酵产品，包括：抗生素、疫苗、蛋白质；血液制品，如血清和血浆。

 微孔膜的另一个重要应用是去除细菌感染。一般药物灭菌均采用热压法，但细菌尸体仍留在药液中。而对于热敏性药物，如胰岛素、ATP、辅酶A、细胞色素C、人体转移因子、激素、血清蛋白、丙种球蛋白等血液制品及组织培养用的培养基等，均不能采用热压灭菌，而只能用于过滤法除菌。采用微孔膜过滤的明显有点在于：不改变药物的原来性质，所以特别适合于热敏性药物过滤；细菌的尸体被膜截留；易于使药物生产线机械化和自动化。